Database per la ricerca biomedica

Docente

Dr.ssa T. Castrignanò

Descrizione Corso

Il corso includerà lezioni teoriche e pratiche:

* sulla progettazione e sviluppo di database di sequenze di DNA, proteine, dati di espressione dei geni, ecc.
* sull'utilizzo di web tools bioinformatici, sviluppati al Caspur, per l'automatizzazione di ricerche ed estrazione di grandi moli di dati dai database del National Center for Biotechnology Information (NCBI) e sull'aggiornamento di database locali con dati ottenuti da NCBI.

Argomenti Trattati

* Progettazione database: concetti di base, relazioni, schema entità/relazioni (ER)
* Costruzione di database biologici
* il retrival dei dati biologici ed il loro aggiornamento con i dati di NCBI.

Obiettivo

Al termine del corso lo studente dovrebbe essere in grado di:

* progettare un database a partire da un problema di annotazione biologica
* utilizzare web services bioinformatici sviluppati al Caspur per effettuare ricerche complesse sui database di NCBI
* popolare un database locale a partire da dati in formato excel oppure combinare i dati locali con quelli immagazzinati nei database di NCBI