Corso per Operatore Bioinformatico su Sistemi Gnu/Linux

Ephestus
A Catania

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Informazione importanti

  • Corso
  • Catania
  • 24 ore di lezione
Descrizione

Obiettivo del corso: Il corso è Orientato alla preparazione di figure professionali che siano in grado di utilizzare efficacemente gli strumenti che la bioinformatica mette oggi a disposizione della ricerca Biomedica, Biotecnologica e Farmaceutica, integrando così, le tecniche computazionali alla sperimentazione in laboratorio.
Rivolto a: Il corso è rivolto a chiunque voglia avvicinarsi a questa moderna disciplina ed è fortemente consigliato a tutti gli studenti delle facoltà di: Medicina, Scienze Biologiche, Biotecnologie, Farmacia, CTF ed Informatica che intendono arricchire il loro bagaglio culturale intraprendendo lo studio di quella che viene ormai conosciuta sotto il nome di Biologia computazionale (in silico Biology).

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Sedi

Dove e quando

Inizio Luogo
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Catania
Via Androne 14, 95124, Catania, Italia
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Domande più frequenti

· Requisiti

Una buona dimestichezza nell'uso del personal Computer ed una conoscenza minima del sistema operativo GNU/Linux Ubuntu.

Programma

Il programma del corso può essere riassunto nelle seguenti lezioni:


BIOINFORMATICA


  • Introduzione alla Bioinformatica

  • Bioinformatica e BIO-IT (definizioni, situazione Italiana e prospettive)

  • Principali aree di studio della Bioinformatica

  • GNU/Linux in Bioinformatica (Introduzione al sistema)

  • Lavorare su un sistema GNU/Linux – Graphical User Interface e Command Line Interface

  • Bio-sequenze - il formato dei dati

  • Lavorare su una sequenza nucleotidica

  • Lavorare su una sequenza aminoacidica

  • Algoritmi Biologici e BIO-software

  • Allineamenti di BIO-sequenze e livelli di complessità

  • Blasting e ricerca di similarità in banca dati

  • Multi-allineamenti, scoring e matrici di sostituzione

  • Interpretazione e formattazione dei dati di allineamento

  • Banche dati biologiche

  • Lavorare con i geni: principali tecniche di analisi

  • Gene finding e costruzione di strutture geniche

  • La complessità delle proteine: Livelli di organizzazione strutturale

  • File di coordinate atomiche e banche dati strutturali

  • Metodi di visualizzazione molecolare, analisi strutturale e rendering 3D

  • Metodi computazionali per la predizione di strutture proteiche

  • Predizione delle strutture secondarie: Metodi e programmi più evoluti

  • Costruzione manuale di un modello strutturale mediante homology modelling

  • Ottimizzazione del modello e metodi di validazione

  • Allineamenti strutturali tra proteine: finalità e metodi

  • Fare Biochimica su un computer: analisi chimico-fisiche su proteine

  • Tecniche per lo studio di proteine con regioni non strutturate (natively unfolded)

  • Analisi Composizionale mirata e predizione di regioni non strutturate della proteina

  • Tecniche per lo studio di proteine con regioni trans-membrana

  • Interazione tra proteine e studio di pathways metabolici


FONDAMENTI DI PROGRAMMAZIONE PER BIOINFORMATICI


  • Introduzione all'algoritmica

  • Sviluppare software: Linguaggi di programmazione

  • Il linguaggio python in Informatica ed in Bioinformatica

  • Strumenti di lavoro: Editor ed interprete

  • Introduzione al linguaggio e sviluppo delle prime applicazioni

  • Approfondimenti e sviluppo di applicazioni di interesse Biologico

  • La libreria BIO-Python


N.B. Il presente programma ha lo scopo di evidenziare i principali argomenti trattati e potrebbe essere ancora soggetto a modifiche.



Ulteriori informazioni

Stage: No
Alunni per classe: 10

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